Les virus, la vie et nous.

Bonjour,

Je me propose d'initier un sujet sur les zoonoses, sur une idée originale d'Alice.

Je vais tenter un petit étalage de mes vagues connaissances sur le sujet. Il y aura donc peut etre des erreurs mais à la fois, cela restera accessible.

Les virus:
Savoir si ce sont vraiment des êtres vivants est toujours en débat. Ils sont un bout de code génétique qui pirate des cellules pour reproduire ce même (ou presque) bout de code en grande quantité. Pour pirater, il a besoin d'entrer dans les cellules, et pour cela ils ont différentes techniques: crochets, spicules......... certains virus sont à ADN, d'autres à ARN. (tous les êtres vivants fonctionnent avec de l'ADN, et l'ARN n'est qu'une étape dans la retranscription du code pour fabriquer des proteines... donc certains virus n'ont pas d'ADN et fonctionne en ARN direct, ils sont une exception si on les classe dans les êtres vivants). Certains sont enveloppés d'une membrane, d'autres non. Bref il en existe de toutes sortes.
L'extrême majorité n'ont pas encore été décrit. C'est un pan de recherche infini ou presque.

Où sont les virus?
Partout! Pas un être vivant sur terre qui ne possède ses virus.... de la bactérie, aux insectes, crustacés, poissons, reptiles oiseaux mammifères tout! Les bactéries de notre flore ont eux même leurs propres virus qui les parasitent sans cesse. Et tout cela fonctionne car l'un s'adapte à l'autre sans cesse. Un virus a tout interêt à garder ses hôtes en vie, sinon il disparait avec eux, donc perdure les mieux adaptés (l'évolution quoi!!). Les virus participent eux aussi à l"'équilibre" biologique.

Pourquoi les virus nous rendent malades?
Très peu de virus ont cette capacité.

Dans cette relation de parasitisme,  il y a adaptation mutuelle.
Mais!
Un virus qui acquière la capacité à infecter une nouvelle cible par une mutation aléatoire et qui, en plus, parvient jusqu'à cette nouvelle cible, va infecter une cible absolument pas adaptée à ce nouveau parasite. Cette nouvelle cible pourra être lésée ou tuée. L'organisme pourra éventuellement ne pas supporter une toxine produite par les cellules infectées. Un fonctionnement important pour l'organisme pourrait mal fonctionner= Pathologie.

Il faudra beaucoup de temps pour que l'organisme s'adapte à ce nouveau virus... dans le cas d'espèce comme la notre, cela peut prendre des milliers d'années.
Heureusement, qu'entre temps, notre système immunitaire a une capacité d'adaptation plus rapide... mais malheureusement pas toujours suffisamment rapide pour empêcher que le virus fasse des dégâts.
La vaccination raccourcit ce délai de réponse immunitaire, et empêche le virus de nuire en détruisant les cellules infectées plus vite que la capacité de reproduction du virus qui du coup disparait de l'organisme (pour certains ils se cachent, et deviennent latents... adaptation en cours....)

Comment apparaissent les virus qui provoquent les maladies?

La clé est le passage de la barrière de l'espèce.
Un virus adapté à une espèce acquiert la capacité à parasiter une nouvelle espèce. Le plus souvent, cette capacité est peu efficace, et cela peut provoquer une maladie chez le nouvel hôte, mais sans rendre possible une contagiosité. Exemple: la grippe aviaire, jusque là des cas sont détectés, mais sans transmission inter-humaine.... jusqu'à ce qu'un virus parvienne à suffisamment s'adapter à son nouvel hôte pour le rendre contagieux et démarrer une épidémie avec un reservoir de nouveaux hôtes. Plus on multiplie les situations d'infection humaine, plus cela a de risques de se produire.

Cela arrive dans la nature, chez toutes les espèces... cela fait partie de la vie et de son fonctionnement.

Mais dans l'histoire humaine, ce fonctionnement a eu un impact assez singulier.

Le tournant a eu lieu avec l'agriculture et la sédentarisation. Plus forte concentration de population, accroissement faramineux des animaux commensaux autour des hommes, et l'élevage avec une proximité inédite de plusieurs espèces avec l'humain. Cela a marqué le début des pandémies, avec une émergence de plus en plus fréquente de virus passant la barrière de l'espèce...
La variole, la rougeole viennent du boeuf. La grippe des oiseaux et du porc.
(la peste vient des rats, enfin de leurs puces, la syphilis du lama, la tuberculose du boeuf, mais ce ne sont pas des maladies virales, mais bactériennes.... vive les antibiotiques!!).

De nos jours, un péril de plus c'est ajouté: la diminution drastique des espaces de vie sauvages. Accentuation des cohabitations inhabituelles, et aggravant sensiblement le risque d'émergence de virus opportunistes.

Jusque là on estimait qu'une maladie émergeait chaque siecle... là on arrive plutot à chaque décennie.

1918/1919 grippe espagnole (la mère des pandémies... la plus mortelle de l'histoire humaine entre 50 et 100 millions de morts selon les estimations.)
1957 grippe asiatique (2 millions de morts)
1968 grippe de hong hong (4 millions de morts)
1977 grippe russe
années 70/80 VIH, et Ebola
2002 SARS cov1
2009 Grippe A
2012 MERS
2019 SARS cov2.

La mortalité d'une maladie dépend de 2 choses: son incidence et sa létalité.

Une maladie très rare, mais très létale, a finalement une faible mortalité.
Une maladie très fréquente, mais peu létale a finalement une forte mortalité.

Qu'en est il du SARS cov2 qui nous pourrit la vie?

Létalité faible mais qui reste significative. (0.5% c'est beaucoup!!! c'est la même létalité que la rougeole dans les pays riches avec population adulte immunisée.... la grippe saisonnière c'est 0.01%)
Contagiosité modérée. (la grippe a un R à 1 -1 malade infecte 1 personne-, la rougeole a un R à 6, et le covid à 3)

cela lui a permis de passer en tête des causes de mortalités pour maladies infectieuses en 1 année. Il dépasse d'une courte tête la tuberculose... et comme je pense que la mortalité est sous estimée, je pense qu'il la dépasse en fait très largement.

L'avenir?

Que faire de cette somme de connaissance?

comment empêcher de nouvelles émergences...?

Merci pour ton exposé, c'est très clair comme d'habitude.
En ce qui concerne le Covid il est évident que ce n'est pas une maladie saisonnière et que sans vaccin   nous aurions eu mondialement des dizaines de millions de morts avant d'atteindre un ralentissement.

Nous en sommes à près de 8 milliards d'humains, si on compte la herd immunity à 70%, cela nous fait 5,6 milliards de malades, c'est ça? et 0,5 % de létalité cela nous ferait 28 millions de morts. C'est vertigineux.
Mais moins qu'avec la peste noire au moyen-âge qui a fait 25 millions de victimes européennes.

Heureusement qu'il y a des vaccins, sans vaccins cette maladie pourrait ne jamais s'arrêter.


Je me suis intéressée aussi au projet One Health, qui décloisonne les sciences de l'humain, des animaux, de l'écologie, habitat, etc et qui a été mis sur pied pour lutter justement contre les panémies et les prévenir.



Un bon article d'introduction sur Wikipedia:

https://fr.wikipedia.org/wiki/One_Health

Alice a écrit:Merci pour ton exposé, c'est très clair comme d'habitude.
En ce qui concerne le Covid il est évident que ce n'est pas une maladie saisonnière et que sans vaccin   nous aurions eu mondialement des dizaines de millions de morts avant d'atteindre un ralentissement.

en fait il est possible qu'elle soit saisonnière dans les pays tempérés, et sporadique dans les pays plus chauds... comme l'est la grippe. (on verra ce qu'il se passe cet été)
mais elle circule plus visiblement que la grippe "hors saison" car elle est 3 à 4 fois plus contagieuse.

Avec un R0 à 3 voire 4 en particulier avec ce put*** de variant anglais... sans les mesures de freinage, ca serait la cata car le Rt (le taux effectif et non théorique) est à 1.2 en ce moment ce qui est bien mieux que 3... (taux qui n'empeche pas la grippe de provoquer une épidémie chaque hiver), donc c'est mieux mais tant que le Rt reste supérieur à 1, l'exponentielle est enclenchée.... la bascule est juste plus longue à arriver, c'est plus sournois.

c'est des maths... l'épidémio c'est des maths, et c'est implacable. Il reste que les comportements ont une énorme influence, et ces mêmes comportements dépendent de tas de facteurs, dont l'effet médiatique.

Nous en sommes à près de 8 milliards d'humains, si on compte la herd immunity à 70%, cela nous fait 5,6 milliards de malades, c'est ça? et 0,5 % de létalité cela nous ferait 28 millions de morts. C'est vertigineux.
Mais moins qu'avec la peste noire au moyen-âge qui a fait 25 millions de victimes européennes.

Je pense que c'est pas un scénario à envisager.

vu comment il fonctionne et si on regarde l'histoire des coronavirus qui ont passé la barrière dans le passé, le scénario est plus complexe.

Je tente d'expliquer.
les coronavirus sont beaucoup moins labiles que la grippe... ils ont de bons systèmes de réparation des erreurs. Mais il reste des mutations, et plus il circule et contamine de nouveaux hôtes, plus il y a forcément des variants quand même, des milliers de variants, peut etre même des millions maintenant. Cette labilité n'est pas un obstacle à une bonne immunisation. Faire une rougeole, ou être vacciné est une excellente protection contre la rougeole, pourtant, le virus de la rougeole est extrêmement labile, bien plus que la grippe, qui pourtant elle oblige à une vaccination tous les ans.
Donc il faut se méfier et éviter de préjuger sur les liens de cause à effet . Et par ailleurs la protection liée à une infection n'est pas nécessairement égale à une protection liée au vaccin. Ici, il varie "peu" à l'échelle de beaucoup de virus, mais il parvient tout de même à limiter l'efficacité du système immunitaire quand il varie.

si on raisonne sans existence de vaccination. Comment ca se passerait?
A priori, on peut imaginer une série de vagues avec à chaque fois des récontaminations... avec le système immunitaire qui finit par avoir un répertoire de lutte contre ce virus suffisant pour qu'il reste au pire un rhume. Les enfants le choperaient chaque année, avec des formes légères, et arrivé à l'age adulte, auraient un arsenal contre ce truc... plus de malades ou presque une fois adulte, et donc une très faible mortalité... et cela prendrait des années (10...20? +?) entre temps, bcp d'adultes mourraient.... plusieurs millions c'est sur, combien, faut voir car nos pays sont plus vieux que bcp d'autres.

Imaginez que la rougeole débarque demain (donc dans un monde non immunisé et non vacciné)... avec des complications quasi systématiques chez l'adulte... si contagieuse que quasi tous les enfants la chopaient avant la vaccination et donc les adultes ne l'attrapaient quasi jamais, faire une rougeole enfant était un moindre mal. Ca ferait des ravages... bien pire que le covid... (demandez aux peuples amérindiens.)

Heureusement qu'il y a des vaccins, sans vaccins cette maladie pourrait ne jamais s'arrêter.

J'espère oui...

le nerf de la guerre c'est la production. ce sont des glands qui n'ont même pas anticipé de mettre en place des unités de production, rien... ils y ont pensé qu'en début d'année, comme si ils n'avaient pas pu y penser avant!

du coup c'est une course contre la montre, car plus on le laisse circuler plus il va trouver des portes de sortie et retarder un retour à la normale.

car non on ne peut pas vivre avec ce truc. Jamais, jamais depuis la medecine moderne, les services de soins n'ont été saturés ainsi par une seule maladie.

d'hab on crie au secours car la grippe sature le système... là c'est pas comparable. dans un service de réa normal, si y a 20 lits, y aura 2 ou 3 trauma à haute intensité, 2 ou 3 infarct, et autant pour diverses défaillances d'organes, 2 ou 3 pour surv post intervention lourde, 2 ou 3 avc, 2 ou 3 lits vides pour recevoir si besoin, du coup des grippes et autres infections du même type. par endroit, c'est 25 covid... et le reste ils font comme ils peuvent...
et plus de lits de réa ce n'est que plus de morts et de séquelles lourdes... plus de lits de réa, cela ne se forme pas comme ça... c'est la spécialité la plus pointue, un medecin non anesthésiste-réanimateur peut à peine y tenir le rôle d'un infirmier anesthésiste, et encore ils ne connaissent pas les gestes.

Je me suis intéressée aussi au projet One Health, qui décloisonne les sciences de l'humain, des animaux, de l'écologie, habitat, etc et qui a été mis sur pied pour lutter justement contre les panémies et les prévenir.

je pense que la clé c'est aussi l'information grand public, et la lutte contre l'obscurantisme...

Un bon article d'introduction sur Wikipedia:

https://fr.wikipedia.org/wiki/One_Health

merci!

le meilleur vulgarisateur en biologie que je connaisse